Công ty tạm ngừng kinh doanh có được xuất hóa đơn không là vấn đề nhiều doanh nghiệp quan tâm, đặc biệt khi còn hợp đồng chưa hoàn thành, khách hàng yêu cầu xuất hóa đơn hoặc phát sinh các khoản thanh toán trong thời gian tạm ngừng.
Theo quy định hiện hành, doanh nghiệp tạm ngừng kinh doanh không được sử dụng hóa đơn thông thường, trừ trường hợp được cơ quan thuế chấp thuận theo quy định pháp luật. Đặc biệt, doanh nghiệp có thể được cấp hóa đơn điện tử theo từng lần phát sinh để thực hiện những hợp đồng đã ký trước thời điểm luật định.
Tuy nhiên, không phải mọi giao dịch phát sinh trong thời gian tạm ngừng đều đủ điều kiện được cấp hóa đơn. Doanh nghiệp cần phân biệt rõ thời điểm ký hợp đồng, thời điểm phát sinh nghĩa vụ lập hóa đơn và phương pháp tính thuế đang áp dụng.
Bài viết dưới đây của Enterlaw phân tích các trường hợp được xuất hóa đơn, thủ tục thực hiện và những lưu ý về thuế theo quy định mới nhất năm 2026.
1. Công ty tạm ngừng kinh doanh có được xuất hóa đơn không?
Về nguyên tắc, công ty không được sử dụng hóa đơn trong thời gian tạm ngừng kinh doanh, trừ trường hợp được cơ quan thuế chấp thuận theo quy định pháp luật.
Căn cứ điểm c.2 khoản 1 Điều 7 Nghị định 252/2026/NĐ-CP, trong thời gian tạm ngừng hoạt động, kinh doanh, người nộp thuế không được sử dụng hóa đơn. Trường hợp được cơ quan thuế chấp thuận sử dụng hóa đơn thì phải nộp hồ sơ khai thuế theo quy định.
Đồng thời, điểm c khoản 1 Điều 8 Thông tư 91/2026/TT-BTC xác định tổ chức kinh tế, hộ kinh doanh và cá nhân kinh doanh tạm ngừng kinh doanh thuộc trường hợp ngừng, tạm ngừng sử dụng hóa đơn điện tử.
Quy định này áp dụng đối với các loại hóa đơn điện tử thuộc phạm vi điều chỉnh, bao gồm:
- Hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế;
- Hóa đơn điện tử không có mã của cơ quan thuế;
- Hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền.
Ví dụ: Công ty A đăng ký tạm ngừng kinh doanh từ ngày 01/11/2026 đến hết ngày 30/04/2027.
Trong thời gian này, công ty không được tự ý tiếp tục bán hàng, cung cấp dịch vụ và xuất hóa đơn cho các giao dịch kinh doanh mới như khi đang hoạt động bình thường.
Tuy nhiên, trường hợp công ty còn nghĩa vụ thực hiện hợp đồng đã ký trước khi tạm ngừng thì cần xem xét cơ chế cấp hóa đơn điện tử theo từng lần phát sinh.
Để hiểu rõ bản chất pháp lý của việc tạm ngừng, Quý khách hàng có thể tham khảo bài viết Tạm ngừng kinh doanh là gì? của Enterlaw.
2. Trường hợp công ty tạm ngừng kinh doanh vẫn được xuất hóa đơn
Pháp luật hiện hành cho phép doanh nghiệp đang tạm ngừng kinh doanh được cơ quan thuế cấp hóa đơn điện tử có mã theo từng lần phát sinh trong một số trường hợp nhất định.
Căn cứ khoản 2 Điều 6 Nghị định 254/2026/NĐ-CP, doanh nghiệp tạm ngừng kinh doanh nhưng cần hóa đơn giao cho khách hàng để thực hiện hợp đồng đã ký trước thời điểm luật định có thể thuộc trường hợp được cấp hóa đơn theo từng lần phát sinh.
Loại hóa đơn được cấp phụ thuộc vào phương pháp tính thuế GTGT mà doanh nghiệp áp dụng.
| Phương pháp tính thuế GTGT | Loại hóa đơn được cấp | Căn cứ |
|---|---|---|
| Phương pháp khấu trừ | Hóa đơn GTGT điện tử có mã theo từng lần phát sinh | Điểm b.1.2 khoản 2 Điều 6 |
| Phương pháp trực tiếp | Hóa đơn bán hàng điện tử có mã theo từng lần phát sinh | Điểm a.2.2 khoản 2 Điều 6 |
Theo đó:
- Đối với doanh nghiệp nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ: Hợp đồng phải được ký trước ngày cơ quan nhà nước có thẩm quyền thông báo tạm ngừng kinh doanh theo quy định tại điểm b.1.2.
- Đối với doanh nghiệp nộp thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp: Hợp đồng phải được ký trước ngày cơ quan thuế thông báo tạm ngừng kinh doanh theo quy định tại điểm a.2.2.
Ví dụ: Công ty B ký hợp đồng cung cấp dịch vụ ngày 01/09/2026. Ngày 25/09/2026, công ty thực hiện thông báo tạm ngừng kinh doanh và bắt đầu tạm ngừng từ ngày 01/10/2026.
Trong thời gian tạm ngừng, công ty phát sinh nghĩa vụ lập hóa đơn để thực hiện hợp đồng đã ký trước đó.
Nếu đáp ứng điều kiện pháp luật, công ty có thể đề nghị cơ quan thuế cấp hóa đơn điện tử có mã theo từng lần phát sinh.
Cần đặc biệt lưu ý: Việc được cấp hóa đơn theo từng lần phát sinh không đồng nghĩa doanh nghiệp được khôi phục quyền sử dụng hóa đơn thông thường hoặc tiếp tục kinh doanh như khi đang hoạt động.
Đồng thời, hợp đồng phải có thật, giao dịch phải phù hợp với phạm vi hợp đồng và việc lập hóa đơn phải đáp ứng quy định về thời điểm lập hóa đơn, kê khai và nộp thuế.
3. Thủ tục xin cấp hóa đơn khi công ty đang tạm ngừng kinh doanh
Trình tự, thủ tục cấp hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế theo từng lần phát sinh được quy định tại Điều 15 Thông tư 91/2026/TT-BTC. Doanh nghiệp có thể thực hiện theo bốn bước cơ bản sau:
Bước 1. Kiểm tra điều kiện được cấp hóa đơn
Doanh nghiệp cần rà soát hợp đồng đã ký trước khi tạm ngừng, xác định giao dịch thực tế và thời điểm phát sinh nghĩa vụ lập hóa đơn. Các tài liệu cần kiểm tra có thể bao gồm:
- Hợp đồng và phụ lục hợp đồng;
- Biên bản giao nhận, nghiệm thu;
- Chứng từ thanh toán;
- Tài liệu thể hiện thời điểm ký kết và thực hiện hợp đồng.
Mục đích là xác định giao dịch có thuộc trường hợp được cơ quan thuế cấp hóa đơn theo từng lần phát sinh hay không.
Bước 2. Gửi đề nghị cấp hóa đơn điện tử
Doanh nghiệp gửi đơn đề nghị cấp hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế theo Mẫu số 06/ĐN-PSĐT, Phụ lục III Thông tư 91/2026/TT-BTC. Đồng thời, doanh nghiệp truy cập Hệ thống thông tin quản lý thuế để lập hóa đơn điện tử theo quy định.
Cơ quan có thẩm quyền cấp hóa đơn đối với doanh nghiệp là cơ quan thuế quản lý trực tiếp hoặc cơ quan thuế nơi phát sinh hoạt động bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ theo quy định.
Bước 3. Kê khai và thực hiện nghĩa vụ thuế
Đây là bước quan trọng mà doanh nghiệp cần đặc biệt chú ý. Theo khoản 1 Điều 15 Thông tư 91/2026/TT-BTC:
- Đối với hóa đơn GTGT theo từng lần phát sinh: Doanh nghiệp phải nộp số thuế GTGT trên hóa đơn hoặc số phát sinh phải nộp theo pháp luật quản lý thuế.
- Đối với hóa đơn bán hàng theo từng lần phát sinh: Doanh nghiệp phải nộp đầy đủ số thuế phát sinh trên hóa đơn hoặc khoản phải nộp theo quy định của pháp luật quản lý thuế và các loại thuế, phí liên quan, nếu có. Doanh nghiệp đồng thời thực hiện nghĩa vụ khai thuế theo quy định.
Bước 4. Nhận hóa đơn được cơ quan thuế cấp mã
Sau khi doanh nghiệp đã nộp đủ thuế hoặc số phát sinh phải nộp, nếu có, thì chậm nhất là ngày làm việc tiếp theo, cơ quan thuế cấp mã trên hóa đơn điện tử.
Doanh nghiệp chịu trách nhiệm về tính chính xác của thông tin trên hóa đơn và thực hiện việc giao hóa đơn cho khách hàng theo quy định.
Như vậy, doanh nghiệp đang tạm ngừng vẫn có thể được cấp hóa đơn hợp pháp, nhưng phải thực hiện đúng trình tự và nghĩa vụ thuế tương ứng.
4. Cách xử lý hóa đơn trong một số tình huống thường gặp
Trong thực tế, vấn đề xuất hóa đơn khi tạm ngừng thường phát sinh từ những hợp đồng đã ký, khoản công nợ chưa thanh toán hoặc yêu cầu điều chỉnh hóa đơn cũ. Doanh nghiệp cần phân biệt từng tình huống để xử lý phù hợp.
4.1. Đã bán hàng trước khi tạm ngừng nhưng khách hàng chưa thanh toán
Trường hợp doanh nghiệp đã bán hàng và lập hóa đơn hợp pháp trước khi tạm ngừng, việc khách hàng thanh toán sau đó không làm phát sinh nghĩa vụ lập thêm hóa đơn cho cùng giao dịch.
Ví dụ: Công ty A bán hàng, bàn giao hàng hóa và lập hóa đơn ngày 25/09/2026. Công ty bắt đầu tạm ngừng từ ngày 01/10/2026. Đến ngày 15/10/2026, khách hàng mới chuyển khoản thanh toán tiền hàng. Trong trường hợp này, công ty không phải lập thêm hóa đơn chỉ vì nhận tiền trong thời gian tạm ngừng. Tuy nhiên, cần phân biệt thời điểm thanh toán với thời điểm phải lập hóa đơn.
Theo Điều 9 Nghị định 254/2026/NĐ-CP:
- Đối với bán hàng hóa, thời điểm lập hóa đơn về nguyên tắc là thời điểm chuyển giao quyền sở hữu hoặc quyền sử dụng hàng hóa cho người mua, không phụ thuộc vào việc đã thu tiền hay chưa.
- Đối với cung cấp dịch vụ, thời điểm lập hóa đơn thông thường là thời điểm hoàn thành việc cung cấp dịch vụ. Trường hợp thu tiền trước hoặc trong khi cung cấp dịch vụ thì có thể phải lập hóa đơn tại thời điểm thu tiền, trừ trường hợp thu tiền đặt cọc để bảo đảm thực hiện hợp đồng theo quy định.
Vì vậy, nếu giao dịch phát sinh trước khi tạm ngừng nhưng doanh nghiệp chưa lập hóa đơn đúng thời điểm, cần kiểm tra nguyên nhân và xử lý theo quy định, không được tự ý ghi lùi ngày hóa đơn.
4.2. Hợp đồng ký trước khi tạm ngừng nhưng chưa hoàn thành
Đây là tình huống cần xem xét cơ chế cấp hóa đơn theo từng lần phát sinh tại khoản 2 Điều 6 Nghị định 254/2026/NĐ-CP. Doanh nghiệp cần kiểm tra thời điểm ký hợp đồng, tình trạng thực hiện và thời điểm phát sinh nghĩa vụ lập hóa đơn.
Nếu thuộc trường hợp được cấp hóa đơn, doanh nghiệp thực hiện thủ tục đề nghị cơ quan thuế cấp hóa đơn theo quy định. Ngược lại, doanh nghiệp không được tự ý sử dụng hóa đơn thông thường khi đang trong trạng thái tạm ngừng.
4.3. Ký hợp đồng mới trong thời gian tạm ngừng kinh doanh
Doanh nghiệp không được lợi dụng trạng thái tạm ngừng để tiếp tục hoạt động bán hàng, cung cấp dịch vụ thông thường. Đối với hợp đồng mới ký trong thời gian tạm ngừng, doanh nghiệp không thể mặc nhiên áp dụng ngoại lệ cấp hóa đơn dành cho hợp đồng đã ký trước thời điểm luật định.
Nếu có nhu cầu tiếp tục hoạt động kinh doanh, doanh nghiệp cần xem xét thực hiện thủ tục thông báo hoạt động trở lại trước thời hạn.
4.4. Cần điều chỉnh hoặc thay thế hóa đơn đã lập trước khi tạm ngừng
Trường hợp hóa đơn cũ có sai sót, doanh nghiệp phải xác định nội dung sai sót và thực hiện phương án xử lý theo quy định về hóa đơn điện tử.
Theo Điều 10 Thông tư 91/2026/TT-BTC, tùy trường hợp, việc xử lý có thể là thông báo sai sót, lập hóa đơn điều chỉnh hoặc thay thế. Đặc biệt, khoản 7 Điều 10 có quy định riêng đối với việc điều chỉnh, thay thế hóa đơn điện tử được cơ quan thuế cấp theo từng lần phát sinh.
Vì vậy, doanh nghiệp không nên tự ý lập hóa đơn điều chỉnh hoặc thay thế trong thời gian hệ thống đã ngừng tiếp nhận hóa đơn mà cần thực hiện theo đúng cơ chế xử lý hóa đơn sai sót.
5. Công ty muốn tiếp tục xuất hóa đơn bình thường thì phải làm gì?
Nếu doanh nghiệp có nhu cầu tiếp tục bán hàng, cung cấp dịch vụ và sử dụng hóa đơn thường xuyên, phương án phù hợp là thực hiện thủ tục tiếp tục kinh doanh theo quy định. Cần phân biệt hai trường hợp sau:
Trường hợp 1. Doanh nghiệp muốn hoạt động trở lại trước thời hạn tạm ngừng
Theo khoản 1 Điều 60 Nghị định 168/2025/NĐ-CP, được sửa đổi bởi Điều 11 Nghị định 296/2026/NĐ-CP, doanh nghiệp phải gửi hồ sơ thông báo đến cơ quan đăng ký kinh doanh cấp tỉnh chậm nhất 03 ngày làm việc trước ngày dự kiến tiếp tục kinh doanh.
Sau khi hoàn thành thủ tục, doanh nghiệp cần kiểm tra tình trạng sử dụng hóa đơn điện tử và thực hiện việc tiếp tục sử dụng theo quy định của cơ quan thuế.
Trường hợp 2. Doanh nghiệp hoạt động trở lại khi hết thời hạn tạm ngừng đã đăng ký
Theo khoản 8 Điều 60 Nghị định 168/2025/NĐ-CP, được bổ sung bởi Nghị định 296/2026/NĐ-CP, trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày kết thúc thời hạn tạm ngừng, người đại diện theo pháp luật phải xác nhận việc tiếp tục kinh doanh trở lại và cam kết đã thực hiện đầy đủ nghĩa vụ đăng ký doanh nghiệp với cơ quan đăng ký kinh doanh cấp tỉnh theo quy trình trên Hệ thống thông tin quốc gia về đăng ký doanh nghiệp.
Lưu ý: Theo điều khoản chuyển tiếp tại khoản 2 Điều 21 Nghị định 296/2026/NĐ-CP, quy định xác nhận hoạt động trở lại này áp dụng đối với doanh nghiệp thông báo tạm ngừng kinh doanh kể từ ngày 23/07/2026.
Đồng thời, khoản 3 Điều 8 Thông tư 91/2026/TT-BTC quy định việc tiếp tục sử dụng hóa đơn điện tử sau khi thông báo với cơ quan thuế về việc tiếp tục kinh doanh hoặc khi đáp ứng điều kiện khôi phục sử dụng hóa đơn tương ứng.
Do đó, doanh nghiệp cần hoàn thành các thủ tục liên quan và bảo đảm đủ điều kiện sử dụng hóa đơn trước khi lập hóa đơn mới.
Quý khách hàng có thể tham khảo bài viết Thủ tục tạm ngừng kinh doanh: Hồ sơ, thời gian và những lưu ý để tìm hiểu thêm về thủ tục thông báo và tiếp tục kinh doanh.
6. Xuất hóa đơn trong thời gian tạm ngừng có phải kê khai thuế không?
Có. Trường hợp được cơ quan thuế chấp thuận sử dụng hóa đơn trong thời gian tạm ngừng, doanh nghiệp phải thực hiện nghĩa vụ kê khai thuế theo quy định.
Đây là yêu cầu được quy định tại điểm c.2 khoản 1 Điều 7 Nghị định 252/2026/NĐ-CP. Đồng thời, Điều 15 Thông tư 91/2026/TT-BTC quy định nghĩa vụ khai thuế và nộp các khoản thuế phát sinh khi đề nghị cấp hóa đơn theo từng lần.
Như vậy, cần phân biệt:
- Doanh nghiệp tạm ngừng hợp lệ, không phát sinh trường hợp phải kê khai: Có thể không phải nộp hồ sơ khai thuế trong thời gian tạm ngừng theo quy định.
- Doanh nghiệp được cấp hóa đơn theo từng lần phát sinh: Phải thực hiện nghĩa vụ khai thuế và nộp thuế liên quan đến giao dịch theo quy định.
Ngoài ra, việc lập hóa đơn không đúng thời điểm hoặc sử dụng hóa đơn trái quy định có thể dẫn đến xử phạt vi phạm hành chính về thuế, hóa đơn tùy hành vi cụ thể.
Để tìm hiểu đầy đủ hơn, Quý khách hàng có thể tham khảo bài viết Công ty tạm ngừng kinh doanh có phải nộp thuế không?.
7. Câu hỏi thường gặp về xuất hóa đơn khi tạm ngừng kinh doanh
7.1. Công ty tạm ngừng kinh doanh có được xuất hóa đơn GTGT không?
Có thể, nếu thuộc trường hợp được cơ quan thuế cấp hóa đơn GTGT điện tử có mã theo từng lần phát sinh. Đối với doanh nghiệp nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, trường hợp cần hóa đơn để thực hiện hợp đồng đã ký trước thời điểm luật định có thể được xem xét cấp hóa đơn theo điểm b.1.2 khoản 2 Điều 6 Nghị định 254/2026/NĐ-CP.
7.2. Khách hàng thanh toán công nợ trong thời gian tạm ngừng có phải xuất hóa đơn không?
Không phải lập thêm hóa đơn nếu khoản thanh toán liên quan đến giao dịch đã được lập hóa đơn hợp pháp trước đó. Tuy nhiên, nếu giao dịch chưa được lập hóa đơn hoặc thuộc trường hợp phát sinh nghĩa vụ lập hóa đơn khi thu tiền thì cần xem xét thời điểm lập hóa đơn theo Điều 9 Nghị định 254/2026/NĐ-CP.
7.3. Công ty xuất hóa đơn trái quy định trong thời gian tạm ngừng có bị xử phạt không?
Có thể bị xử phạt tùy tính chất và mức độ vi phạm. Ngoài trách nhiệm xử phạt về hóa đơn, doanh nghiệp có thể phải thực hiện nghĩa vụ khai thuế, nộp thuế và xử lý các hậu quả pháp lý liên quan. Vì vậy, doanh nghiệp nên kiểm tra tình trạng sử dụng hóa đơn và căn cứ pháp lý trước khi thực hiện giao dịch.
8. Tư vấn tạm ngừng kinh doanh và xử lý các vấn đề pháp lý tại Enterlaw
Tạm ngừng kinh doanh không chỉ là việc gửi thông báo đến cơ quan đăng ký kinh doanh mà còn liên quan trực tiếp đến hóa đơn, thuế, hợp đồng và các nghĩa vụ tài chính của doanh nghiệp.
Enterlaw cung cấp dịch vụ tạm ngừng kinh doanh, hỗ trợ Quý khách hàng xác định thời điểm tạm ngừng phù hợp, chuẩn bị hồ sơ, thực hiện thủ tục và tư vấn những nghĩa vụ pháp lý cần lưu ý.
Quý khách hàng đang tạm ngừng kinh doanh nhưng cần xuất hóa đơn, xử lý hợp đồng cũ hoặc muốn hoạt động trở lại trước thời hạn?
Enterlaw sẵn sàng rà soát tình trạng pháp lý, đánh giá phương án phù hợp và hướng dẫn thực hiện các thủ tục liên quan.
Đội ngũ luật sư và chuyên viên pháp lý hỗ trợ Quý khách hàng trong quá trình tạm ngừng, xử lý vướng mắc và tiếp tục hoạt động kinh doanh.
Liên hệ Enterlaw để được tư vấn và sử dụng dịch vụ pháp lý phù hợp với nhu cầu của doanh nghiệp.
